La storia del Museo è collegata a quella dell’omonimo Istituto universitario nato nel 1923 negli ammezzati di Palazzo Carignano.

Il Museo di Antropologia ed Etnografia dell’Università di Torino (MAET) viene fondato nel 1926 da Giovanni Marro (1875-1952), medico psichiatra e docente di Antropologia per le Scienze naturali, che porta sin da subito numerosi reperti antropologici, frutto di campagne di scavo condotte in Egitto dalla Missione Archeologica Italiana, guidata da Ernesto Schiaparelli (1856-1928), a cui partecipa personalmente fra il 1913 e il 1920. Contemporaneamente fa confluire raccolte etnografiche di svariata origine e provenienza, nonché manufatti artistici realizzati da ricoverati presso l’Ospedale Psichiatrico di Collegno, diretto dal padre, lo pischiatra Antonio Marro (1840-1913).

Nel 1936 la sede del MAET viene spostata presso l’antico Ospedale San Giovanni Battista. Disponendo di nuovi locali, il patrimonio del Museo si amplia notevolmente fino allo scoppio della Seconda Guerra Mondiale: durante gli anni del conflitto bellico, infatti, le collezioni vengono trasferite fuori Torino per essere messe in salvo da eventuali bombardamenti. Dopo il 1945, la cura e il riordino delle raccolte è affidato a Savina Fumagalli (1904-1961), assistente di Marro e incaricata per l’insegnamento dell’Antropologia. Alla sua morte, comincia una nuova fase di ristrutturazione voluta dal nuovo responsabile scientifico, Brunetto Chiarelli, nominato docente di Antropologia presso l’Ateneo torinese fra il 1965 e il 1980. Vengono così impostate nuove basi espositive e di conservazione delle collezioni.

Negli anni Ottanta la conduzione del Museo passa a Melchiorre Masali, docente di Antropologia, ma nel 1984 il MAET è costretto alla chiusura chiuso al pubblico in quanto i locali dello storico edificio non sono più rispondenti alle nuove norme di sicurezza. Restano attivi i progetti di ricerca che interessano, in particolar modo, le collezioni antropologiche. Negli anni seguenti, la direzione viene assunta da Emma Rabino Massa, docente di Antropologia, fino al 2016, che realizza iniziative volte alla presentazione del Museo attraverso l’allestimento di mostre tematiche temporanee o itineranti e cicli di conferenze. Nel 2014 il MAET entra nel nascente Sistema Museale di Ateneo dell’Università degli Studi di Torino.

Nel 2017 viene nominata direttore del MAET, Cecilia Pennacini, docente di Antropologia culturale, con cui si avviano il progetto di trasferimento presso i nuovi spazi del Palazzo degli Istituti Anatomici e le attività di studio e catalogazione dell’intero patrimonio museale.