La Biblioteca è suddivisa in 3 fondi.
Il primo fondo è costituito dalla Biblioteca storica del Museo, ovvero 372 volumi prevalentemente a carattere medico che furono acquistati dal fondatore del Museo, l’antropologo Giovanni Marro, fra il 1926 e il 1952. Un elenco inventariale è scaricabile qui.
Il secondo fondo è costituito dalla donazione Babini-Salera (avvenuta nel 2023), ovvero 265 volumi che trattano principalmente della storia e del patrimonio culturale africano. Un elenco inventariale è scaricabile qui.
Il terzo fondo è costituito da una raccolta di volumi di nuova acquisizione che continua ad accrescersi. Attualmente consta di oltre 260 libri prevalentemente a tema museale, antropologico ed etnografico. Un elenco inventariale è scaricabile qui.
La Biblioteca del Museo non è attualmente consultabile.